Pedoman pelaksanaan AMI (Audit Mutu Internal) SPMI yang berisi tentang sistem audit internal dalam kerangka SPMI dengan beberapa cara yaitu menetapkan kebijakan tentang audit internal, menyiapkan unit khusus, menetapkan standar, menyusun dan merumuskan manual/pedoman audit, menyiapkan dokumen tertulis, melatih auditor, mensosialisasikan sistem audit internal. Diharapkan hasil audit mutu internal SPMI dapat menjadi masukkan yang efektif guna mengetahui pendidikan serta pelaksanaan Standar Nasional Pendidikan dan untuk melakukan peningkatan mutu Standar Nasional Dikti yang berkelanjutan pada setiap program studi, fakultas, biro dan lembaga di lingkungan Universitas Respati Yogyakarta.